• JPS Wilayah Persekutuan Labuan telah ditubuhkan pada tahun 1992.

• Di awal penubuhan JPS WP Labuan adalah sebahagian daripada JPS Wilayah Kuala Lumpur di mana semua perbelanjaan, pentadbiran serta urusan adalah melalui JPS Wilayah Kuala Lumpur. 

• Pejabat awal JPS WP Labuan adalah bertempat di Bangunan Jabatan Kerja Raya WP Labuan.

• Seterusnya pada tahun 1993, pejabat JPS WP Labuan telah bertukar ke Kawasan Saguking WP Labuan bagi memudahkan lagi urusan tugas/fungsi Jabatan pada masa tersebut. 

• Dan pada tahun 2001, sekali lagi JPS WP Labuan telah bertukar pejabat di Tingkat 5, Blok4, Kompleks Ujana Kewangan, WP Labuan

• Jabatan ini telah memohon untuk menjadi sebuah Jabatan di satu Negeri dimana telah diluluskan oleh JPS Ibu Pejabat serta Kementerian (NRE). Maka pada tahun 2007, JPS WP Labuan telah menjadi satu cawangan baru dalam JPS Malaysia.

• Pada 3hb April 2017 sekali lagi tercatat sejarah apabila JPS WP Labuan beroperasi di bangunan sendiri yang ditempatkan di Kompleks JPS, Jalan Rancha-Rancha. Pejabat JPS WP Labuan ini adalah merupakan naiktaraf kuarters pekerja ke pejabat. Fungsi dan peranan JPS WP Labuan adalah :- 
  
  

a. Pengurusan Sumber Air dan Hidrologi

b. Pengurusan Lembangan Sungai

c. Pengurusan Zon Pantai

d. Pengurusan Banjir

e. Saliran Mesra Alam

f.Kejuruteraan Mekanikal dan Elektrikal